フリースクールは、学習については多くのところが個別指導（少人数）や個人指導を中心として行っています。時間割の基本を決めている場合もありますが、時間割自体も大きな枠組み（午前中は教科学習・午後は体験的な講座、あるいは特定の曜日はスポーツをする、というような決め方）以外は、一人ひとりに合わせて対応しているところもあります。

　 芸術活動（音楽、造形、絵画、演劇）、パソコン、読書、自然体験など教科の勉強以外の活動を積極的に取り入れているフリースクールも多くあります。不登校により乏しくなってしまいがちな経験やゆとりのなくなった気持ちをときほぐす効果が期待されます。