中学生の通うフリースクールでは、中学卒業後の進路指導も行っています。高校への進学指導は、進学先となる高校の学校情報をはじめ、高校受験のための指導も行っているところが多くあります。

　 高校以外では、高等専修学校進学や高卒認定試験受験の指導が行われています。フリースクールの中で職業体験などが協力関係にある職場などで行われている例もあります。